カツオは頭を切り、内臓をとり除き、水洗いしたあと3枚におろします。さらに血合い部分を境に背側と腹側とに切り分けることで1尾より4本（背節2本・腹節2本）の節が作られます。背節は雄節（おぶし）、腹節は雌節（めぶし）とも呼ばれます。

生切りしたカツオは、煮籠（にかご）という金属製の籠に1本ずつ丁寧に並べていきます。単純に並べられているように見えますが、ねじれていたり曲がっていたりしたまま煮熟（しゃじゅく）すると、形が悪くなってしまいます。

並べ方にも年季のいる重要な作業です。籠立ての作業は、原魚の最終チェックをする役割も果たしています。

籠立てを終えた煮籠は8～10枚重ねてウインチで吊り上げ、摂氏75～98℃の湯で60～90分ほど煮熟します。温度や時間の差はかつおの魚体、鮮度に応じて職人が経験で決めます。100℃にしないのは沸点まで温度を上げると、釜底より大きな泡が立ち上がり、節が動揺して煮くずれがおきやすくなるからです。

長時間じっくりと煮熟することで、肉がよくしまって生臭い味などの癖がない、旨みに富んだ上等な鰹節ができあがります。

煮熟をついえたあとは水を張った「骨抜き盥（たらい）」と呼ぶ水槽に入れ、皮・ウロコ・皮下脂肪・汚れなどを取り除きます。さらに１本ずつ手作業で身を傷つけないよう骨を抜きます。

皮を全部はぎ取らず残すのは、次の工程の焙乾時に身くずれを起こさないためと、皮にできるシワの状態が枯れと脂分の含み具合、つまり乾き具合と品質を判断する目安となるからです。

焙乾とは燻（いぶ）すことで、何回も繰り返し行います。薪にはナラ・クヌギ・サクラなどが一般的に使用されます。

骨抜きを終えた段階の節は、水分が68％と鮮魚とほぼ同じ量を含んでおり、ここからあの堅い節に仕上げていくために乾燥させていきます。まだ水分が多いので保存性は低い状態です。 最初に行われる焙乾を「一番火」といい、「二番火」以降とは区別して、特に「水抜き焙乾」と呼ばれます。

1番火の翌日、骨抜きなどで損傷した部分を修繕します。身が欠けたり、傷がついたまま次の工程に進むと、欠損した部分から身割れがおきたり、欠損部分が拡大する恐れがあるので、それを防ぐために行います。

煮熟肉と生肉を、2対1の比率（産地によってはこの比率が異なり、またさらに裏ごししてから使う）で混ぜ合わせたものを使用します。

修繕を終えたものはせいろに並べてもう一度焙乾します。一気に焙乾すると表面が乾くだけで中の水分が取れにくいので何度も休ませながら、繰り返し行います（本節で十～十五番火）。

この作業で水分は28％程度まで低下します。焙乾の終わった節の表面は燻煙中の煙成分（タール）に覆われて黒くなり、表面がザラザラとしていることから「荒節（あらぶし）」あるいは「鬼節（おにぶし）」と呼ばれます。荒節をそのまま削ったものも一般的に流通していますが、カビ付けをしていないためこの段階では「発酵食品」とは言えません。焙乾の効用は水分を抜くだけでなく、燻製による酸化防止や香味が加わることで鰹節の旨みを引き出すのにも一役買っています。

焙乾工程を経た荒節（鬼節）を半日ほど日乾し、2～3日放置しておくと表面が湿気を帯びて柔らかくなります。それを形を整え、カビがつきやすいように表面のタール分や滲み出た脂肪分を削り落とします。

削り上げた節は「裸節（はだかぶし）」、または赤褐色なので「赤むき」と言います。

裸節を2～3日干し、安全性が確認されている優良鰹節カビ（特許取得済み）を植菌し温度、湿度が管理されている室（むろ）で貯蔵します。夏場だと6〜10日ほどで最初のカビが付き、これを一番仕込み（一番カビ）と言います。節全体に付いたカビが成長する過程で、節の中心から水分を均等に吸収し乾燥してくれます。

また、カビ付けは微生物の働きにより節を発酵・熟成させる効果があります。さらにカビが節の表面の脂肪分を分解してくれるため、鰹節は動物性食品でありながら脂のない澄んだ透明な「だし」がひけるという特徴を持っています。

戸外に広げたムシロなどの上にカビのついた節を並べて日に干します。日乾された節に付いているカビをブラシを使って一本一本丁寧に払い落とし、さらに水分を抜くためにカビ付けと日乾を交互に3～6回繰り返します。魚体の大きさなどを考慮して回数を判断するのは長年培った職人の目利きです。

カビつけが進んだ段階の節は、雨が一滴でも落ちると斑点になって痕が残るため、天気には常に気を配り作業します。

以上の製造工程にはおよそ120日間を要し、5kgのカツオが本枯節になると800～900gになります（重量比で約1/6）。

本枯節になると最終的な含有水分は12～15％まで低下し、節同士をたたき合わせると、カーンと堅い澄んだ音がするのが特徴です。

職人の確かな目により選別を行い、基準を満たしたもののみ出荷されます。